Le sezioni di sistema definiscono collegamenti (desktop, menu Start, cartelle, con AppUserModelID), registro e variabili d'ambiente (anche in coda o in testa al PATH, rimosse alla disinstallazione), associazioni di file con verbi e menu contestuale e servizi Windows con account, avvio e dipendenze.
Le regole del firewall aprono porte e programmi per i profili dominio, privato e pubblico; i certificati si installano negli archivi giusti. Ogni elemento appartiene a una funzionalità, che l'utente può scegliere in fase di installazione.